Há um mundo inteiro de microparasitas que habitam as moscas de morcegos. As bactérias emergem como o grupo predominante nas famílias Nycteribiidae e Streblidae, com Bartonella exibindo uma prevalência notável. Também vale mencionar os fungos, com destaque para a distribuição e especificidade das espécies de Laboulbeniales. Há ainda as vespas parasitoides, ácaros e nematóides filariais.